Los ríos más importantes que riegan el Municipio de Ilobasco son:

Atima, Los Frailes, Quezalapa, Gualucho, 
El Zapote, Dolores, Los Horcones, 
Los Naranjos, El Molino, Copinolapa,
Agua Fria, Nacascolo, Las Cañas, Los Angeles, 
Las Lajas, El Zapotal, Chiquito, Las Vegas, 
Las Palomas, Malpistera, Peña del Negro, 
El Cerrón, Derrumbe, Titihuapa, El Pelón, Sunzapote.

Las quebradas:

La Ceiba, El Aguacate, El Zapotal, Los Obrajitos,
La Quebradona, Los Negros, El Pezote, Agua Zarca,
Las Isletas, Honda, Agua Caliente, Las Pilonas, 
Poza Honda, Agua Escondida, Camposanto, La Danta,
Los Arias, Cacaulapa, El Chorro, Huertas Viejas, 
La Aduana, El Paraje, Las Canoas, Nacimiento, El Papaturro,
El Aposento, El Flor, Vieja, El Saltillo, Seca, El Jute, 
El Ojushte, El Juatal, Terciopelo, El Zapote, El Pilón y el Zapotal.

Hay que tomar muy en concideración que un buen número de estas fuentes hidrográficas
se han secado o están por secarce. Otras fuentes ya sea por el auje poblacional o por 
descuido han sido contaminadas.